Le navate laterali sono coperte da volte a gaveta, sono illuminate da tre finestre ed arricchite, su ciascun lato da tre altari, realizzati tutti a spese del vescovo Rozzolino nel 1852, il cui stemma è visibile sui pilastrini laterali ed al centro delle cornici che chiudono le nicchie. Sulla parte superiore delle pareti, all'interno di cornici in stucco con foglie d'acanto, sono dipinti ritratti di santi fondatori di ordini religiosi, quattro per ogni navata.
Sulla controfacciata al di sopra dell'ingresso è posto un dipinto di scuola manierista che raffigura l'Incredulità di San Tommaso. Alla sua sinistra in un oblò San Francesco di Paola fondatore dell'Ordine dei Minimi. Segue il fonte battesimale, al di sopra del quale si osserva una tavola con il Battesimo di Cristo sec. XVI. Tra due pilastri su cui sono posti due angeli reggitorcia in marmo bianco, è racchiuso il primo altare dedicato a San Francesco. Gemello degli altri cinque se ne differenzia per il solo medaglione posto al centro del paliotto dedicato alla Vergine di Lourdes. Nella nicchia è racchiusa la statua lignea di San Francesco, proveniente dalla precedente chiesa dei Cappuccini. Nell'oblò San Francesco d'Assisi che indica le stimmate con la mano sinistra, fondatore dei Francescani. A separare il primo altare dal successivo è il sepolcro del vescovo Enrico De Rossi, realizzato nel 1912 ad opera dello scultore marcianisano Onofrio Buccini. Il secondo altare è dedicato al Sacro Cuore di Gesù, la cui statua nella nicchia è incorniciata dalla scritta "AD VENIAT REGNVM TVVM IHS". Nel tondo è raffigurato il fondatore dei Domenicani San Domenico, che regge nella destra un giglio e nella sinistra la Chiesa cattolica. Il terzo altare accoglie la statua lignea di San Giuseppe con Gesù fanciullo ed il quarto oblò con San Benedetto fondatore dei Benedettini, che regge nella mano destra il libro delle regole. Sopra l'architrave di accesso al transetto è posta la tela con Gesù che guarisce il cieco, firmata e datata "L.Taglialatela 1930 A.VIII", tra le maggiori espressioni artistiche del pittore.
Si accede quindi al transetto sinistro con il cappellone della Madonna del Carmine. L'altare è inserito in un trompe l’oeil, che simula un deambulatorio chiuso da due colonne rosse con capitelli ionici, che reggono a loro volta, due timpani spezzati sormontati da angeli musicanti. La statua della Madonna del Carmine (1902) è posta in una scarabattoli di legno dorato, di evidente ascendenza neogotica. Sulla base si legge: "CAN.CO DECANO D.RAF.LE QUAGLIOZZI/PER SUA DEVOZIONE MDCCCII". Il tradizionale paliotto dell'altare è sostituito da una teca che ospita la statua di San Lucio. Ai lati dell'altare, sopra le piccole porte, sono posti due dipinti del Tagliatatela: a sinistra l'Estasi di Santa Teresa d'Avila e a destra il Profeta Elia che attende sul monte Carmelo di essere condotto in cielo dal carro.